马铃薯主要病害有病毒病、晚疫病、早疫病、疮痂病、环腐病、青枯病、黑胫病和癌肿病等；虫害有地老虎、金针虫、马铃薯瓢虫及蚜虫等。
病毒病主要有花叶型和卷叶型，其次是束顶型。花叶型由x、y、s、m等病毒引起，通过蚜虫和接触传毒，症状因感染病毒的种类、数量而异。轻者叶片局部失绿，呈黄绿镶嵌斑驳状或轻微花叶，叶脉透明，重者叶片皱缩花叶，叶脉坏死，茎发生条斑，植株矮化。卷叶型由plrv病毒引起，由叶蝉传毒，病株叶片以叶脉为中心上卷成筒状，质地变脆，块茎维管组织坏死变褐色。束顶型由马铃薯纺锤块茎微病毒pstv引起，由接触、蚜虫及甲虫传播，株直立，顶部叶片耸立，块茎变长，周皮及薯肉龟裂。各种病毒均可通过种薯传给后代，引起种薯逐年退化，使产量逐年下降，主要采取综合栽培技术措施防治。喷药消灭传毒昆虫，从健康植株选留种薯，采用脱毒薯做种，采用夏播或秋播法留种及选用抗病品种等。
晚疫病为真菌病害，主要危害叶片，也能侵染茎和薯块。叶片多从叶尖或叶缘开始发病。初为暗绿色水渍状病斑，后扩大成近圆形或不规则形，边缘有不明显大型病斑。环境潮湿时，叶背病健交界处长出白色霜霉状物。后期病斑变为暗褐色至黑褐色。阴雨天气，病害迅速扩展，严重时全田一片焦黑，颗粒无收。干旱时，病斑扩展缓慢，褐色、小而质脆，不产生白霉。茎部受害产生褐色稍下陷而又长短不-的条斑。薯块病斑呈不规则形，褐色或紫褐色，稍下陷，数个病斑联合成大斑，病薯肉红褐色。防病栽培措施可采用选用抗病品种，选用无病种田、种薯，种薯以药液处理等。生产上在生长季节喷施瑞毒霉来防治。
早疫病为真菌病，危害叶、茎和块茎。病害从植株基部叶片开始，最初出现小褐斑，渐扩大成同心轮纹斑，着生黑色绒毛，严重时病斑连成一片，叶片枯死。块薯受害后发生暗褐色微陷圆斑或不规则形斑，病斑下薯肉褐色、干腐。可用增施肥料、轮作及用波尔多百菌清、代森锰镁液喷洒等法防治。